El Museu Comarcal de la Noguera neix del conveni signat entre el Departament de Cultura de la Generalitat de Catalunya i l'Ajuntament de Balaguer el dia 31 de gener de 1983, el qual fixava la transformació de l'antic Museu Municipal de Balaguer, - situat primerament al Castell Formós i després a la segona planta de l’edifici de l’ajuntament - en museu comarcal.
L’acord entre l’Ajuntament de Balaguer i la Parròquia de Santa Maria de Balaguer va permetre que el Museu Comarcal passés a ocupar l’edifici de l’antiga església de Sant Josep, construcció de principis del segle XVIII, que malgrat tenir bastants problemes estructurals va permetre, desprès d’una remodelació, obrir les portes del museu el 22 de maig de 1987. L’equipament contemplava els espais fonamentals de tot museu: magatzems, laboratori de restauració, sala de consulta-biblioteca, espais administratius i sala d’exposicions.
Durant dos anys la programació del museu es concentrà en una variada oferta d’exposicions temporals tant de producció pròpia com de foranies, alhora que es redactava la proposta temàtica de la Sala de Síntesi del museu que s’inaugurava a l’octubre de 1989.
La rellevància del patrimoni andalusí i feudal va ser un dels factors determinants de la creació del Museu Comarcal de la Noguera l'any 1983, sobretot a partir de 1982, any en què es van reempendre les excavacions arqueològiques al Castell Formós i es van començar les del Pla d’Almatà. Aquestes intervencions van significar el punt de partida de l'orientació museològica basada en una seu central i un seguit de radials entre els que hem de destacar els dos jaciments citats i el conjunt urbà de la pròpia ciutat. El Museu Comarcal de la Noguera es convertiria en el centre d'interpretació i de dinamització del patrimoni d'època medieval de la ciutat de Balaguer.
El mateix Departament de Cultura va entendre que el punt inicial d'aquest projecte passava per la construcció d'un edifici de nova planta, que havia de ser la seu central, i que va ser encomanat a l’equip format pels arquitectes Humbert Costas i Manel Gomez. Les obres van començar el desembre de 1992.
El 25 de maig de 1995 s’inaugurava la nova seu a la plaça dels Comtes d’Urgell amb l’exposició “El Mestre de Balaguer (segle XVI)”, així com un dels radials previstos en el projecte, el Jardí Arqueològic del Castell Formós. Aquell mateix any el Servei d’Arqueologia del Departament de Cultura de la Generalitat començava els tràmits per a la declaració de Bé Cultural d’Interès Nacional el Pla d’Almatà, l’altre dels radials previstos
El 19 d’abril de 1997 va ser inaugurada l’exposició de les sales estables del museu amb un muntatge que porta com a títol genèric: “Hisn Balagi-Balaguer. De la madina a la ciutat”.