El Museo Comarcal de la Noguera nace del convenio firmado entre el Depaertament de Cultura de la Generalitat de Catalunya i el Ayuntamiento de Balaguer el dia 31 de enero de 1983, en el cual se acordaba la transformación del antiguo Museo Municipal de Balaguer, sito en primer lugar en el Castell Formós y posteriormente en la segunda planta del edificio del ayuntamiento, en museo comarcal.
El acuerdo entre el ayuntamineto de Balaguer y la parroquia de Santa Maria de Balaguer permitió que el Museo Comarcal pasase a ocupar el edificio de la antigua iglesia de Sant Josep, construcción de principios del siglo XVIII, que, a pesar de tener muchos problemas estructurales permitió, después de su remodelación, abrir las puertas del museo el 22 de mayo de 1987. El equipamineto contemplaba los espacios fundamentales de todo museo: almacenes, laboratorio de restauración, sala de consulta-biblioteca, espacios administrativos i sala de exposiciones.
Durante dos años la programación del museo se concentró en una variada oferta de exposiciones temporales tanto de producción própia como otras ajenas, a la vez que se redactaba la propuesta temática de la Sala de Síntesis del museo que se inauguró el mes de octubre de 1989.
La importancia del patrimonio andalusí y feudal fue uno de los factores determinantes de la creación del Museu Comarcal de la Noguera el año 1983, sobretodo a partir de 1982, año en que se reanudaron las excavaciones arqueológicas en el Castell Formós y se empezaron las del Pla d'Almatà. Estas intervenciones significaron el punto de partida de la orientación museológica basada en una sede central y varios radiales entre los que hay que destacar los dos yacimientos citados y el conjunto urbano de la propia ciudad. El Museu Comarcal de la Noguera se transformaria en el centro de interpretación y de dinamización del patrimonio de época medieval de la ciudad de Balaguer.
El propio Departament de Cultura entendió que el punto inicial de este proyecto pasaba por la construcción de un edificio de nueva planta, que debia ser la sede central, y que fue encargado al equipo formado por los arquitectos Humbert Costas y Manel Gómez. Las obras se iniciaron el mes de diciembre de 1992.
El 25 de mayo de 1995 se inauguraba la nueva sede en la plaza dels Comtes d'Urgell con la exposición "El Mestre de Balaguer (segle XVI)", así como uno de los radiales previstos en el proyecto, el Jardín Arqueológico del Castell Formós. Aquel mismo año el Servei d'Arqueologia del Departament de Cultura de la Generalitat iniciaba los trámites para la declaración de Bien Cultural de Interés Nacional, el Pla d'Almatà, el otro de los radiales previstos.
El 19 de abril de 1997 se inauguró la exposición de las salas permanentes del museo con un montaje que lleva como título genérico "Hisn Balagi-Balaguer. De la madina a la ciutat”.